Здравствуйте.

Когда загружается реестр посылается один запрос (который оптимизирован и загружает не все записи, а 30 – если у вас 100000 записей то не будет накладки по производительности). Когда вы нажимаете «Выбирать все», то не произойдет загрузки всех записей(оптимизация описанная выше), а отправится отдельный запрос который просто вернет количество и обновит название кнопки (при дебаге в network это видно). Чтобы добиться требуемого результата нужно самостоятельно посылать запрос.

Тоже столкнулся с такой проблемой. Самое простое решение, которое я нашел - это использовать функцию, возвращающую запрос на получение записей для экспорта:

                    var esq = this.getExportToExcelEsq();
                    esq.rowCount = -1;
                    esq.getEntityCollection(function (response) {...}, this);

Можно посмотреть, как она работает и заменить её своей. Результатом запроса будут все выделенные записи (99 в Вашем случае).

Поправка: в 7.12.2 функция, возвращающая запрос, переехала, теперь так:

var esq = this.getGridDataInitializedEsq(true);
esq.rowCount = -1;

...